计算机实验教学中心包含计算机基础实验教学中心和计算机工程实验教学中心。总面积达4182平方米，教学仪器设备总值2713万元。

计算机基础实验教学中心面向全校，为计算机基础课程实践教学和全国计算机等级考试提供场所。经2018年搬迁改造，现位于江宁校区1#教学楼东侧1-5楼和幕府校区农科楼南2楼和4楼，共19个计算机基础实验分室和1个计算机组装与维护实验室，有计算机1493台，面积2650平方米，总资产1352万元。

计算机工程实验教学中心拥有数据库与信息系统实验室、多媒体技术实验室、嵌入式系统综合实验室、计算机软件实验室、嵌入式系统开发实验室、游戏开发实验室、计算机组成与系统结构实验室、数字逻辑实验室、计算机网络实验室、嵌入式系统创新实验室、计算机软件与应用创新实验室等11个专业实验室，主要面向计算机科学与技术、数字媒体技术、数据科学与大数据技术专业提供实践场所。面积1532平方米，教学仪器设备总值1361万元。